O IPO Lisboa é um estabelecimento do Serviço Nacional de Saúde de natureza pública empresarial, dotado de personalidade jurídica, autonomia administrativa, financeira e patrimonial.

O governo do IPO é exercido por um Conselho de Administração, nomeado despacho conjunto dos gabinetes da ministra da Saúde e do secretário de Estado do Tesouro, publicado em Diário da República a 21 de julho de 2022 (Despacho n.º 8905/2022) que determina as linhas de orientação do Instituto nas áreas clínicas e não clínicas, e é responsável pela boa gestão e funcionamento técnico, humano e financeiro, pela qualidade e eficiência da prestação dos cuidados de saúde prestados na instituição.

Fazem parte dos órgãos sociais do IPO Lisboa o Conselho Fiscal, que é responsável pelo controlo da legalidade e da boa gestão financeira e patrimonial do Instituto, e o Conselho Consultivo, um órgão de consulta, apoio e participação na definição do plano estratégico e das linhas gerais de atuação.

O IPO Lisboa dispõe também de um serviço de auditoria interna, ao qual compete a avaliação dos processos de controlo interno e de gestão de riscos nos domínios contabilístico, financeiro, operacional, informático e de recursos humanos, contribuindo para o seu aperfeiçoamento contínuo.