O IPO Lisboa é um estabelecimento do Serviço Nacional de Saúde de natureza pública empresarial, dotado de personalidade jurídica, autonomia administrativa, financeira e patrimonial.
O governo do IPO é exercido por um Conselho de Administração, nomeado por resolução do Conselho de Ministros, que determina as linhas de orientação do Instituto nas áreas clínicas e não clínicas, e é responsável pela boa gestão e funcionamento técnico, humano e financeiro, pela qualidade e eficiência da prestação dos cuidados de saúde prestados na instituição. Por despacho da ministra da Saúde publicado em Diário da República a 15 de janeiro (Despacho n.º 688/2021), os membros do Conselho de Administração mantém-se em funções até 31 de dezembro de 2021, com efeitos a 1 de janeiro.
Fazem parte dos órgãos sociais do IPO Lisboa o Conselho Fiscal, que é responsável pelo controlo da legalidade e da boa gestão financeira e patrimonial do Instituto, e o Conselho Consultivo, um órgão de consulta, apoio e participação na definição do plano estratégico e das linhas gerais de atuação.
O IPO Lisboa dispõe também de um serviço de auditoria interna, ao qual compete a avaliação dos processos de controlo interno e de gestão de riscos nos domínios contabilístico, financeiro, operacional, informático e de recursos humanos, contribuindo para o seu aperfeiçoamento contínuo.